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《使徒行者3》讲述了爆Seed（林峯饰）继续为刑事情报科执行任务，打击不同罪犯；而卓凯（苗侨伟饰）因三年前枪伤犯罪集团主脑钱瑞安而被判入狱三年，在刑满出狱后并选择与妻子莫羡晴（江美仪饰）开设咖啡店安稳度日，却面临被黑帮追杀的危险。另一方面，情报科总督察章纪孜（黄智雯饰）却怀疑卓凯意图投入黑道；暗中着手调查卓凯与黑道人士的关系......家强与卓凯侦查人口贩卖案件，保安局首席调查员韦作荣（马国明饰）合力侦破；保安局新设立的情报科邀请徐天堂（袁伟豪饰）加入，卓凯人在江湖，卷入黑帮话事人选举。昔日伙伴却以另外一个身份去参加选举，卓凯重遇因为已经被家强枪杀的老对手覃欢喜（许绍雄饰），并发现韦作荣的真正身份是昔日敌人魏德信之亲弟魏德礼，他正计划对众人报复，众人合力调查；揭发了一个个庞大的黑暗势力，暴风雨再次步步逼近......
